A főosztály általános feladatként egészségfejlesztéssel foglalkozik, beleértve az egészségvédelmet, egészségnevelést és egészségmegőrzést, valamint egészségmonitorozást lát el. Ennek keretében a veleszületett rendellenességek és ritka betegségek surveillance-át, a nem fertőző betegségek epidemiológiáját és az egészséghatás-értékelést végzi. Emellett hatáskörébe tartozik az országos drogmegelőzési programok irányítása, ellenőrzése és felügyelete is. Országos adatbázisokat alakít ki és tart fenn, ennek érdekében meghatározza az adatgyűjtések, a vezetett nyilvántartások és jelentések szempontrendszerét, főbb tartalmát és teljesítési módját, biztosítja az adatbázisok adatainak felhasználhatóságát.

A főosztály végzi az Egészségfejlesztési Irodák (EFI) szakmai irányítását, folyamatos kapcsolatot tart velük, online képzéseket szervez számukra, és monitorozza a tevékenységüket. Külsős cégeknek munkahelyi egészségfejlesztési programokat tervez, segít a lebonyolításukban, méréseket végez, összesíti és kiértékeli az eredményeket. Ellátja az Egészségfejlesztés szakmai folyóirat szerkesztői munkálatait, és biztosítja a folyóirat online megjelenését. A kollégákkal való aktív kapcsolattartás érdekében működteti az egeszseg.hu weboldalt.

A rendelkezésre álló életmódra vonatkozó, megbetegedési, halálozási és demográfiai adatok alapján, a veleszületett fejlődési rendellenességek és ritka betegségek surveillance és az iskolaegészségügyi adatszolgáltatás elemeiből statisztikai matematikai elemzéseket végez. Ezek alapján vizsgálja a népesség egészségmutatóinak alakulását, a megbetegedések populációspecifikus és kóroki jellemzőit, a halálozási statisztikák változását annak érdekében, hogy a társadalmi-gazdasági helyzet és az egészségügyi, szociális ellátás alakulásának függvényében segítse a döntéshozókat és támogassa a célirányos fejlesztéseket a népesség egészségi állapotának javítása céljából.

A főosztály végzi az iskolaegészségügyi adatok feldolgozását, továbbá a VRONY (Veleszületett Rendellenességek Országos Nyilvántartása) 30 éves adatainak statisztikai és epidemiológiai feldolgozását. Működteti a Ritka Betegségek Szakértői Bizottságát.

A főosztály közreműködik a Nemzeti Drogellenes Stratégia végrehajtásában. Részt vesz a drogpolitikai célú programok kidolgozásában, valamint elősegíti a Kábítószerügyi Egyeztető Fórumok megalakulását, szakmailag támogatja és koordinálja az országos hálózat folyamatos működését. Ennek részeként nyilvános adatbázist működtet a kef.hu honlapon.

Ellátja a Kábítószerügyi Tanács működésével kapcsolatos titkársági feladatokat. Koordinálja a megelőző-felvilágosító szolgáltatások rendszerének működését, és kapcsolatot tart az elterelésben érintett más intézményekkel, szolgáltatókkal. Segíti a prevencióban érintett szakemberek és intézmények közötti együttműködést, javaslatokat fogalmaz meg, és szakértői tevékenységet folytat az iskolai egészségfejlesztési programok minőségének biztosítása érdekében.

A főosztály tevékenysége kiterjed a továbbképzésre is: a felsőoktatási intézményekből érkező hallgatók szakmai gyakorlatát vezeti.